Pecorari dopo aver iniziato la sua carriera nelle giovanili della Juventus fino alla stagione 1995/1996  con la maglia bianconera della formazione primavera e' passato nelle fila del Fiorenzuola in serie C1 nel campionato 1996/1997 collezionando nonostante la sua giovane eta' 25 presenze con 4 reti realizzate dove gia' dimostro' di essere un difensore di buone prospettive con un spiccato senso per il gol infatti dopo una sola stagione di C passa via Juventus all'Empoli neopromossa in serie A guidata da Luciano Spalletti la stagione dopo. La squadra toscana in questo torneo di A disputa una buona stagione ottenendo la salvezza con alcuni risultati importanti per Marco solo 3 presenze nella massima serie accumulando pero' esperienza utile per il proseguio della sua carriera. Il suo esordio nel massimo campionato italiano il 4 Gennaio 1998 nella gara Lecce-Empoli finita 2-2 entrando nella ripresa poi altre due presenze con la maglia blu della formazione toscana contro la Roma all'Olimpico sempre entrando nel secondo tempo, terza partita partendo da titolare in casa vinta per 3-1 contro il Brescia. Nell'Empoli in questa stagione militava anche il triestino Max Tonetto.
Dopo il suo debutto in serie A la stagione seguente 1998/1999 Pecorari passa dalla Juventus proprietaria del suo cartellino al Genoa squadra militante in serie B. Per i liguri pero' non e' una stagione da ricordare che porta anche al cambio in panchina da Santarini a Cagni senza buoni risultati, per lui 17 presenze senza alcun gol. Fra i compagni di squadra di questa stagione anche Massimiliano Tangorra ex alabardato nei primi anni '90 e nella stagione 2001/2002.

La stagione 1999/2000 Marco cambia ancora maglia infatti viene acquistato dal Crotone dove vi rimane per ben 4 campioniati due in serie C1 e due in serie B. Prima stagione in serie C1 con allenatore Antonello Cuccureddu, gia' suo mister nella Juventus primavera, e prima promozione storica in serie B per la squadra calabrese con il  I posto in classifica con 69 punti grazie anche ai 28 gol messi a segno da De Florio. In quest' importante stagione anche Pecorari e' uno dei protagonisti del salto di categoria giocando 31 partite con nessun gol realizzato. Il campionato successivo con i calabresi in serie B resta in maglia rossso-blu collezionando 28 gare segnando 3 reti. Due gol all'andata, il primo allo stadio Tenni di Treviso realizzando il secondo gol della gara finita 3-2 per i veneti, la seconda rete in casa allo stadio Scida il classico gol dell'ex contro l'Empoli nella partita finita 3-1 per il Crotone realizzando il primo gol.

Nel girone di ritorno va in rete nella partita Crotone-Treviso 4-3 realizzando la terza segnatura di una gara pirotecnica decisa solo nei minuti finali. Il Crotone in questa stagione ottiene il miglior piazzamento della storia della societa' calabrese con il 9° posto in classifica nella serie cadetta dopo un inizio difficile che porto' al cambio in panchina da Cuccureddu a Papadopulo.Anche in questo torneo 2000/2001 Pecorari e' uno dei giocatori piu' importanti diventando uno dei beniamini dei tifosi crotonesi.

Terza stagione 2001/2002 e seconda di B nella fila del Crotone ma e' un campionato non positivo che nonostante i tentativi fatti dalla societa' rosso-blu con 4 allenatori cambiati Cabrini, Cuoghi, Selvaggi, Materazzi non riesce evitare la retrocessione in C1. Pecorari gioca 33 partite, il maggior numero di presenze nei 4 anni nel Crotone, segnando 2 reti , una con il Cagliari fuori casa nella gara persa dai calabresi per 2-1 l'altro nella partita di Genova con la Sampdoria realizzando il gol che ha dato i tre punti (0-1).

Ultimo campionato con i calabresi  nel torneo 2002/2003 di C1 allenatore Gaetano Autieri con il 6 ° posto conclusivo in classifica, Marco disputa 30 partite segnando 2 gol importanti all'andata nelle gara Crotone-Vis Pesaro 2-0, sua la prima rete, e nel girone di ritorno il gol del pareggio nella partita in trasferta contro la Sambenedettese (1-1). In questi 4 anni stagioni  in cui e' stato anche capitano dei rosso-blu ha lasciato un buon ricordo fra i tifosi calabresi grazie alla sua determinazione e grinta e alle sue qualita' che ha dimostrato gara dopo gara.

La Triestina nel luglio 2003 con la chiusura del ciclo dopo tre stagioni magnifiche che hanno portato alla doppia promozione dalla C2 alla B ed una terza sfiorata in serie A riparte con un nuovo allenatore Attilio Tesser e cambia gran parte della rosa puntando su elementi giovani e qualche giocatore piu' esperto come Marco Pecorari che scaduto il contratto con il Crotone nonostante numerose offerte accetta quella del Presidente Berti e della societa' alabardata anche per avvicinarsi a casa.

L'inizio della stagione non e' pero' dei piu' facili visti i molti volti nuovi nella rosa soprattutto in difesa dove e' rimasto solo Francesco Bega diventato capitano e proprio assieme a lui e Denis Godeas tornato dopo 4 anni, Marco ha il compito di far crescere i giovani e gli esordienti in serie B. Dopo i primi mesi pero' con la crescita dell'intero gruppo e all'affiatamento con il suo compagno di reparto Bega forma una delle coppie difensive meglio assortite della B fatta di grinta, determinazione e tempismo nelle chiusure che portano la squadra a ridosso delle prime posizioni.
Pecorari in questa stagione oltre al suo importante contributo in difesa per evitare i gol, ha dato il suo determinante apporto in attacco soprattutto nei calci piazzati realizzando gol pesanti che hanno portato in dote punti preziosi da ricordare i gol nel girone di andata nelle gare interne con l'Avellino rete del 1-0 nella gara poi finita 2-1 e con il Como gol pareggio del 2-2 entrambe le reti segnate di testa sua specialita'.

Fonte: Empolifc.com

Anche al ritorno il numero 4 alabardato si e' fatto notare in avanti mettendo a segno una doppietta che ha dato i tre punti contro il Pescara passato in vantaggio (2-1) e il gol del pareggio a tempo scaduto nel derby con il Vicenza al Menti (1-1). In tutto nella stagione 2003/2004 ha collezionato 39 presenze con 5 reti all'attivo entrando nel cuore dei tifosi alabardati.

Dopo il bel campionato la Triestina cambia ancora diversi giocatori della rosa per la stagione 2004/2005 ma uno dei punti cardine della Triestina rimane Marco Pecorari rimasto a Trieste nonostante alcune offerte da formazioni anche di serie A. La stagione pero' non e' delle piu' semplici infatti  i rosso-alabardati alternano periodi positivi ad altri meno con gare ben giocate ad altre negative, Pecorari pero' si dimostra ancora un giocatore molto importante sia in difesa che in attacco dove grazie ai suoi gol la Triestina ottiene 2 vittorie importanti contro Catanzaro e Crotone sua ex squadra e conferma le sue qualita' assieme alla  sua grinta e determinazione che fanno di lui uno dei beniamini del Rocco. La stagione si conclude con una sofferta Salvezza e' Pecorari nonostante il difficile campionato e' uno dei migliori giocando 37 gare compresi i Play Out realizzando 3 reti. Alla fine del campionato nell'estate 2005 ritorna ad indossare una maglia di serie A passando nelle fila del Lecce dove ritrova un altro ex alabardato Marianini e proprio dove aveva esordito con la maglia dell'Empoli nella massima serie.